Peugeot 406 впервые был представлен на испытания Euro NCAP в 1997 году. На тех испытаниях по результатам краш-теста на лобовой и боковой удары автомобиль получил оценку в виде двух звездочек. Модель выпуска 2001 года заслужила еще одну дополнительную звездочку в основном благодаря модернизации системы привязных ремней, а также за усиленный кузов. Специальный переключатель, приводимый в действие ключом зажигания, позволяет отключать подушку безопасности переднего пассажира, что делает возможным устанавливать на переднем сидении детское кресло спиной по направлению движения. Кроме того, эта подушка безопасности может быть отключена во время работы двигателя с помощью второго ключа. Тем не менее, для безопасности на панели инструментов всегда горит предупредительный сигнал.